Après la départementalisation de 1946, La Réunion reste marquée par un système social et politique hérité de la colonisation et doit composer avec une juctice coloniale injuste et raciste. Alors que les grandes familles possédantes gardent le pouvoir économique et politique, les communistes et les militants autonomistes décident de s’engager et de défendre les droits des Réunionnais face à système domination raciale sociale. La répression politique est forte, car les manifestations sont interdites, les militants arrêtés, les journaux saisis, les fraudes électorales généralisées et des violences contre les communistes et leurs familles.

Dans un tel contexte, Paul Vergès a entretenu une relation complexe, parfois conflictuelle, avec la justice. L’épisode le plus marquant de reste sans doute l’affaire Alexis de Villeneuve, qui a éclaté lors de la campagne législative de 1946. Lors d’une meeting électoral d’Alexis De Villeneuve, des militants communistes et des partisans gaullistes s’affrontent. Dans la bagarre, Alexis De Villeneuve est tué par balles, le 25 mai 1946. Des témoins désignent Paul Vergès comme étant l’auteur des coups de feu. Arrêté, son procès se déroule à Lyon, où il sera condamné à cinq ans de prison, le 23 juillet 1947. Sa condamnation est annulée par la loi d’amnistie du 6 août 1953.

Autre épisode judiciaire marquant: la clandestinité de Paul Vergès, alors directeur du journal Témoignages, il est poursuivi à 43 reprises pour délit de presse, pour avoir reproduit des articles des journaux Le Monde et L’Humanité sur la guerre d’Algérie. Il entre en clandestinité le 17 mars 1964, mais sa cavale prend fin le 28 juillet 1966.

Après 28 mois de clandestinité, il se rend aux autorités et est incarcéré, en 1967. La Cour
de Sûreté de l’État décide le non-lieu à son encontre.

Paul Vergès a souvent été poursuivi et condamné pour ses activités politiques, car « la vie d’un communiste n’est pas facile tous les jours », rappelait le Secrétaire général du PCR, Maurice Gironcel, lors d’une interview à Témoignages. En effet, l’Histoire de Paul Vergès et du PCR parle d’elles-même, avec les décisions judiciaires arbitraires ou injustes contre des militants communistes, dont Raymond Vergès, Paul Vergès, Bruny Payet, et Maurice Gironcel, encore récemment. « On a voulu nous écarter, nous isoler, nous faire douter. Mais à chaque fois, nous avons répondu par plus d’unité, par plus de mobilisation, par plus de combativité », a rappelé le secrétaire général. D’autant que les institutions judiciaires et politiques sont instrumentalisées pour maintenir la domination néocoloniale. Or pour Paul Vergès, le droit devait être un outil d’émancipation populaire, non un instrument de répression politique.